Nach dem Ausscheiden des Andreas Graf von Hohenwarth zu Gerlachstein ist Maximilian Freiherr von Werner, k.k. niederösterreichischer wirklicher Regierungsrat, Herr und Landstand in Böhmen und in Steiermark, mit der Hofkanzleipräsidialverordnung vom 24. November 1846 zunächst zum provisorischen und mit allerhöchster Entschließung vom 13. Februar 1847 zum wirklichen Präsidenten der Konsistorien ernannt worden.

Am 29. Juni 1850 wurde er mit allerhöchster Entschließung zum k.k. Rat der niederösterreichischen Statthalterein 2. Klasse befördert. Am 3. März 1854 ist ihm in Anerkennung seiner Verdienste als Präsident der Konsistorien Titel und Rang eines Hofrates verliehen worden und am 22. April 1854 erhielt er das Ritterkreuz des österreichischen Leopoldsordens. Am 11. Juni 1858 wurde ihm auch der Charakter eines Hofrates verliehen und seine Versetzung extra statum der Statthalterei bewilligt.

Am 1. September 1859 ist er von der Funktion des Präsidenten enthoben worden und erhielt das Kommandeurkreuz des Franz Joseph Ordens.

Ihm folgte, zunächst als interimistischer Präsident der Konsistorien und ab 1861 als Vorsitzender der nunmehr k.k. Evangelischer Oberkirchenrat genannten Kirchenleitung, mit Josef Andreas Zimmermann erstmals ein Staatsbeamter evangelischer Konfession.