Der Kaiser brauchte ihn, daher bekleidete er trotz seines Evangelisch-Lutherischen Glaubens hohe Ämter in der Zeit der Protestantenfeindlichkeit. Als reichster Wiener Unternehmer seiner Zeit, als Großhändler, Montanindustrieller und Bankier finanzierte er die Türkenkriege. 1579-1583 war er in Wien Faktor der Ulmer Handelsfirma Schermer, danach selbständiger Großhändler mit Tuch, Messerwaren, Schlachtvieh, Häuten und Spezereien. 1581 erhielt er trotz seiner religiösen Überzeugung als Lutheraner das Bürgerrecht. Unentbehrlich für den Kaiser hatte er bedeutenden Anteil am Wiener Wirtschaftsleben, gehörte von 1589-1595 dem Äußeren Rat an, war von 1596-1601 Stadtgerichtsbeisitzer und von 1602-1604 Mitglied des Inneren Rats. Er erwarb die Herrschaften Gföhl (NÖ, 1607), Vösendorf (NÖ, 1611) und den Würfelhof in Nussdorf, der die Zentrale für seinen Weingroßhandel wurde. Ab 1603 beteiligte er sich am Kupferbergbau in der heutigen Slowakei. Die schlesischen Herrschaften Oderberg und Beuthen erhielt Henckel als Gegenleistung für dem Staat gewährte Darlehen.
Er ist Ahnherr der heute weit verzweigt in Österreich und Deutschland lebenden Großfamilie. Die Mutter der Schwiegertochter Goethes, Ottilie von Goethe war eine geborene Henriette Gräfin Henckel von Donnersmarck, einer seiner heute lebenden Nachfahren, Florian Graf Henckel von Donnersmarck, deutsch-österreichischer Staatsbürger, erhielt 2007 mit dem Film »Das Leben der Anderen« den Oscar für den besten ausländischen Film.
Aus: Monika Salzer/Peter Karner: Vom Christbaum zur Ringstraße. Evangelisches Wien. 2., verbesserte Auflage, Wien 2009, S. 58