Martin Luther hat auf seiner Rückreise aus Rom auch Innsbruck besucht und sich wahrscheinlich im Prämonstratenser Chorherrnstift Wilten aufgehalten.

Johann Friedrich von Sachsen kam Im Herbst 1551 als Gefangener Kaiser Karl V nach Innsbruck. Sein Hofmaler Lukas Cranach begleitete ihn. Sie bewohnten ein Haus in der Neustadt, an dessen Stelle sich später das Hotel Österreichischer Hof befand. Nach der Befreiung des Herzogs hielten sie sich im August 1552 nochmals für einige Tage in Innbruck auf.

Mehrere reformatorisch gesinnte Pfarrer, wie Martin Stein (1550, 1553-1556) und Kaspar Eissele (1558-1562), haben in der Stadtpfarrkirche (seit 1964 Bischofskirche) gepredigt.

Im Hutterpark befindet sich eine Gedenkstätte, die den im Großraum Innsbruck inhaftiert, gefoltert, oft auch getötet Täuferinnen und Täufer gewidmet ist, denn auch in Innsbruck ist es wie in ganz Tirol und Südtirol zur Verfolgung der Taufgesinnten gekommen.

Erst 1869 konstituiert sich die „Protestantische Glaubensgenossenschaft in Innsbruck“ als provisorische Filiale von Salzburg, 1876 wird die Gemeinde selbständig. Die erste Gottesdienststätte der Protestanten nach dem Toleranzpatent befand sich im ehemaligen Normalschulgebäude in der Schlossergasse und war die Schulkapelle, die bereits 1778 erbaut worden war. Am 1. November 1879 wurde sie feierlich von den Evangelischen in Gebrauch genommen und diente ihnen bis 1906 als Gotteshaus.