Der k.k. niederösterreichischer Regierungsrat und Inhaber des silbernen Zivilehrenkreuzes Carl Freiherr von Werner wurde mit allerhöchster Entschließung vom 17. Juli 1812 als Nachfolger von Andre Edler von Stock zum Präses der Konsistorien ernannt. 1817 ist er zum k.k. wirklichen Hofrat und zum Stellvertreter des niederösterreichischen Regierungsvizepräsidenten befördert worden. 1828 wurde er jubiliert, blieb aber weiterhin Präsident der Konsistorien. Am 27. Juni 1840 ist er in Ruhestand versetzt worden, sein wirkliches Dienstende erfolgte am 4. Februar 1841. Wenige Tage später, am 12. Februar 1841, ist er gestorben.

Ihm folgte Anton Taulow Ritter von Rosenthal.