Die Militärseelsorge dient der seelsorglichen Begleitung der Soldaten in ihrer Zeit beim Bundesheer. Die Evangelische Militärseelsorge verfolgt dabei das Konzept der Mitgehenden Seelsorge, der Militärpfarrer kommt zu den Soldaten, sowohl im Inland als auch bei den Auslandseinsätzen des Bundesheeres.

Die Militärseelsorge ist ein zusätzliches kirchliches Angebot. Der Soldat bleibt zwar weiterhin Mitglied seiner Pfarrgemeinde, da die Zeit beim Bundesheer jedoch eine besondere Situation darstellt, steht ihm die Militärseelsorge zur Seite.
Regelmäßig wird der Lebenskundliche Unterricht abgehalten und zu den kirchlichen Hochfesten auch Gottesdienste. Darüber hinaus werden kirchliche Handlungen wie Taufe, Konfirmation, Trauung und Beerdigungen angeboten. Weiters bereichert die Evangelische Militärseelsorge im Rahmen verschiedenster Vorträge und Veranstaltungen im Rahmen der militärethischen Bildung immer mehr das Aus- und Weiterbildungsangebot im Österreichischen Bundesheer.

Die Militärpfarrer werden in ihrer Tätigkeit überdies durch eine Gruppe engagierter Soldaten unterstützt: Der Arbeitsgemeinschaft Evangelischer Soldaten (AGES).