Clusius war der bedeutendste Botaniker seiner Zeit, sowohl in der Theorie als auch in der Praxis. Seine erste große Expedition unternahm er mit Johann Jacob Fugger auf die iberische Halbinsel, wo er nicht nur viele Pflanzen sammelte, er entdeckte auch eine ganze Reihe bis dahin unbekannter Arten. 1573 bis 1576 war Clusius Hofbotaniker Kaiser Maximilian II. in Wien. Hier legte er einen Medizinalkräutergarten und das erste Alpinum an – dazu war er Aufseher der Kaiserlichen Gärten. Durch Exkursionen ins Ötscher– und Schneeberggebiet – den Ötscher hat er als einer der Ersten bestiegen – hat er diese Gegend botanisch-systematisch erforscht und damit einen großen Beitrag zur Kenntnis der Alpenflora geleistet.
Nach 1576 verfasste er in Güssing sein bedeutendstes Werk »Stirpium Nomenclator Pannonicus«, die erste österreichische Pflanzenkunde. Große Bedeutung für die Mykologie (Pilzkunde) hat sein 1601 erschienenes Werk »Rariorum plantarum historia/ Fungorum in Pannoniis brevis historia«. Dieses Werk ist die erste umfassende Pilzmonografie und zugleich die erste regionale Pilzflora, die 105 in Ungarn vorkommende Pilze beschreibt.
Clusius war der beste Kenner der europäischen Pflanzenwelt. Er hat die meisten neuen Arten entdeckt, beschrieben, abgebildet – seine botanischen Werke sind bibliophile Prachtbände. Praktisch tat er sehr viel für die Verbreitung exotischer Nahrungs- und Zierpflanzen. Wien verdankt ihm u.a. die Einführung der Rosskastanie (1576), der Tulpe, der Kartoffel (1588), des Stiefmütterchens, des Flieders und der Levkoje. Clusius machte Wien zu einem Zentrum der Blumenzucht.
Einige Pflanzenarten sind nach Clusius benannt: Clusius-Enzian (Gentiana clusii), Clusius-Primel (Primula clusiana), Clusius-Fingerkraut (Potentilla clusiana), Clusius-Brombeere (Rubus clusii), Clusius-Pfingstrose (Paeonia clusii), Clusius-Schafgarbe (Achillea clusiana), Clusius-Gämswurz (Doronicum clusii), Clusius-Tulpe (Tulipa clusiana). Ebenso nach ihm benannt ist die tropische Pflanzengattung der Clusien (Clusia), die namensgebend für die Clusiengewächse (Clusiaceae) ist.
Aus: Monika Salzer/Peter Karner: Vom Christbaum zur Ringstraße. Evangelisches Wien. 2., verbesserte Auflage, Wien 2009, S. 54